24 czerwca 2021 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał wyrok w sprawie C‑559/19, uznając że Hiszpania naruszyła Ramową Dyrektywę Wodną i Dyrektywę Siedliskową UE, nie reagując prawidłowo i skutecznie na pogarszanie się stanu wód w obszarze parku narodowego i parku przyrodniczego Doñana (pokrywającego się z trzema obszarami Natura 2000).
W prawniczym wywodzie wyroku ukryte są tezy bardzo istotne dla zagadnień ochrony obszarów Natura 2000 oraz dla styku Dyrektywy Siedliskowej i Ramowej Dyrektywy Wodnej:
Program środków, przewidziany w art. 11 Ramowej Dyrektywy Wodnej i ujmowany w planie gospodarowania wodami, powinien mieć także na celu ustanowienie niezbędnych środków w celu uniknięcia jakiegokolwiek pogorszenia się (z przyczyn zależnych od wód) stanu obszarów chronionych o których mowa w dyrektywie siedliskowej, tj. musi zapewniać realizację art. 6(2) dyrektywy siedliskowej w stosunku do zależnych od wód obszarów chronionych. Samo istnienie prawdopodobieństwa (ryzyka), że działanie lub bezczynność spowoduje pogorszenie się stanu siedlisk lub istotne niepokojenie odnośnych gatunków, jest już wystarczającą przesłanką do stwierdzenia zarówno naruszenia art. 6(2) dyrektywy siedliskowej, jak i uznania, że program środków nie zawierający środków zapewniających unikniecie tego ryzyka nie czyni zadość obowiązkowi z art. 11 Ramowej Dyrektywy Wodnej.
Naruszenie art. 6(2) ma miejsce także, jeśli presja (w omawianej sprawie chodziło o nadmierny pobór wód podziemnych), będąca przyczyną pogarszania się stanu siedlisk przyrodniczych w obszarze Natura 2000, pochodzi sprzed daty uznania tego obszaru, ale pogarszanie się stanu tych siedlisk trwa nadal i stan tych siedlisk będzie dalej się pogarszał. W takiej sytuacji państwo obowiązane jest podjąć niezbędne działań w celu położenia kresu takiemu pogorszeniu, a bierność w tej sprawie jest naruszeniem prawa UE. Aby uchylić się od zarzutu takiego naruszenia, Państwo musi przedstawić dowody pozwalające wykluczyć wszelką racjonalną wątpliwość co do tego, czy z naukowego punktu widzenia kontynuowanie obecnej praktyki (w tym przypadku: w zakresie poboru wód podziemnych) nie ma szkodliwego wpływu na chronione siedliska przyrodnicze.
