W wyroku C-244/12 (sprawa lotniska w Salzburgu) z 21 marca 2013 r. Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej orzekł m. in, że zobowiązanie do dokonywania screeningu i w razie potrzeby ocen oddziaływania na środowisko, wynikające z dyrektywy EIA, wywiera skutek bezpośredni, tj. stosuje się bezpośrednio także wtedy, gdy państwo członkowskie nie transponuje prawidłowo załącznika dyrektywy. Organy i sądy państwa członkowskiego są obowiązane do zapewnienia skuteczności dyrektywy, a w krajowym sporze można się skutecznie powoływać bezpośrednio na ten przepis dyrektywy i załącznik do dyrektywy.

Oznacza to np. potencjalną nieważność wszystkich zezwoleń na realizację przedsięwzięć z załącznika dyrektywy (np. regulacje rzek), wydanych w latach 2004-2010 na podstawie faktu, że przedsięwzięcie nie kwalifikowało się do polskiej listy 'przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko'.

W wyroku C-258/11 (sprawa Sweetmana, obwodnica Galway) z 11 kwietnia 2013 r. Trybunał przybliżył pojęcie "oddziaływania na integralność obszaru Natura 2000" z art 6.3 dyrektywy, uznając że przedsięwzięcie narusza integralność obszaru, jeżeli może ono uniemożliwić trwałe utrzymanie istotnych cech danego terenu, związanych z obecnością typu siedliska przyrodniczego, którego ochrona uzasadniła umieszczenie tego terenu w wykazie terenów mających znaczenie dla Wspólnoty. Przy dokonywaniu takiej oceny należy stosować zasadę ostrożności. Gdy realizacja planu lub przedsięwzięcia doprowadzi do trwałej i nieodwracalnej utraty całości bądź części typu siedliska przyrodniczego, którego ochrona była uzasadnieniem oznaczenia takiego terenu jako TZW (w sprawie chodziło o trwałe zniszczenie 0,5% powierzchni priorytetowego siedliska limestone pavements*), to należy uznać, iż ten plan lub przedsięwzięcie wywrze niekorzystny wpływ na integralność tego terenu. W opinii rzecznika generalnego wydanej w tej sprawie, rozstrzygnięcia w oparciu o art. 6(3) dyrektywy, oraz interpretacja "oddziaływania na integralność", muszą też zapobiegać zjawisku "powolnego uśmiercania" elementów przyrody - utraty siedliska przyrodniczego wskutek szeregu mniejszych przedsięwzięć, których realizacja została dozwolona, to znaczy narastającej utraty siedliska przyrodniczego wskutek wielu lub co najmniej szeregu mniejszych przedsięwzięć, których realizacja na tym samym terenie została dozwolona.

W wyroku C-517/11 z 7 lutego 2013 r. (sprawa jeziora Koroneia) Trybunał orzekł, że tolerowanie nielegalnych poborów wody szkodliwych dla ekosystemu i brak dotychczas prawidłowego rozwiązania gospodarki wodno-ściekowej, stanowią naruszenia obowiązku z art. 6(2) dyrektywy.